Gracias a la clandestinidad de los procedimientos abortivos con Cytotec (misoprostol), las complicaciones son muy comunes, pues se someten a las mujeres que se encuentra en un embarazo no deseado a manejar una serie de variables médicas que no están en capacidad de manejar.

Las complicaciones más comunes van desde infecciones por abortos incompletos hasta hemorragias masivas que pueden terminar con la muerte de la gestante.
Son tres las posibles variables que pueden suceder cuando una mujer decide abortar con medicamentos.
Primero que todo puede ocurrir que la mujer experimente un aborto sin complicaciones esto no es tan común como lo quieren mostrar las personas que se dedican a la comercialización de Cytotec.

Como segunda medida lo otro que puede pasar es que después de aplicarse los medicamentos no pase nada. Aparentemente este fenómeno no tiene complicaciones, no obstante esto dista mucho de la realidad, ya que lo que puede pasar es que el embarazo continúe pero ya ha ocurrido un daño fetal, que va desde leve, moderado y en muchas ocasiones hasta severo causando malformaciones fetales. Existen reportes y estudios que hablan acerca de malformaciones fetales y otro gran número de desafortunados acontecimientos consecutivos al uso inadecuado del misoprostol como abortivo.

Otra complicación es cuando se experimenta un aborto parcial, este acontecimiento clínico expone a la mujer a una sepsis (infección mortal en la mayoría de los casos) y se requiere realizar con urgencia un curetaje. Lo crítico es que en la mayoría de estos casos la mujer no se da cuenta de que esto paso hasta que es demasiado tarde, pues las pacientes piensan que al experimentar un sangrado el aborto ya ocurrió.

Por el evento anterior es muy común encontrar mujeres complicadas en las unidades de cuidados intensivos.